Mit Gottes Gnade überlebte die Gedächtniskirche die furchtbaren historischen Ereignisse (zwei Weltkriege), und beging im Jahr 2003 ihren 90. Jahrestag nach der Einweihung.
Im Jahre 1927 hatten sich infolge der schnellen Erbauung der Kirche so ernste Risse gebildet, dass die Leipziger städtischen Behörden die Kirche abreißen wollten. Diesen beklagenswerten Zustand der Kirche versuchte der Metropolit Jewlogi abzuhelfen. Doch die unter den Emigranten gesammelten Mittel reichten lediglich aus, um dem Verwalter die Schulden für die Verwaltung der Kirche zu zahlen, der zum Zeichen der Aufgabe seines Amtes am 29.Januar 1928 die Kirchenschlüssel Metropolit Jewlogi übergab. Zu demselben Zeitpunkt ging die Gedächtniskirche des hl. Alexius auch wieder in die Hand der Russischen Orthodoxen Kirche über, und eine erste große Renovierung der Kirche wurde durchgeführt.
Am 29.Januar 1928 wurde die Kirchweih vollzogen, während Metropolit Jewlogi seine Rede mit den schönen Worten schloss: “Ich möchte heute inbrünstig darum beten, dass hier ständig, ohne zu versiegen, orthodoxes Gebet Behalten werde und dass unter einmütiger gemeinsamer Arbeit von Russen und Deutschen diese Kirche unerschüttert stehen möge als lebendiger anschaulicher Zeuge einer Völkervereinigung, dass sie nicht aufhören möchte, das große Werk Christi zu wirken, indem sie der Welt nicht das Bild der Völkerschlacht, sondern der Brüderschaft der Völker zeigt”. Seit jener Zeit wieder ist in dieser Kirche bis heute ununterbrochen Gottesdienst gehalten worden.
Im 1934-1935 wurde zum ersten Mal die Renovierung der Kirche durchgeführt, wo die Behörden der Stadt Leipzig einen grösseren Geldbetrag übernommen haben.
Als es noch keine Heizung in der Kirche gab, hatte man zur Winterszeit den Raum der ehemaligen Bibliothek/Museum, die nicht erhalten geblieben war, für gottesdienstliche Zwecke eingerichtet. Dieser Kirchenraum war im 1928 dem hl. Großmärtyrer und Heiler Panteleimon geweiht. Hier befand sich auch zu Kriegsende ein Lazarett mit Verwundeten.
Im Jahre 1945 die Dokumente über die Rückkehr der Kirche in die Jurisdiktion der Russischen Orthodoxen Kirche unterschrieben worden ist, unter den Unterschriften die Namen der Vertreter des Moskauer Patriarchen.
Am 6.Juli 1945 besuchte Marschall der Sowjetunion G. K. Shukow die Denkmalskirche. Stadtkommandant von Leipzig nach dem Kriege war Generalleutnant Trufanow. Nachdem sie die Kirche besichtigt hatten, befahlen sie die Kirche in vorbildliche Ordnung zu bringen. Nicht nur wurde damals die erste große Renovierung der Kirche durchgeführt, die städtischen Behörden überwiesen auch monatlich einen Geldbetrag zum Unterhalt der Denkmalskirche. Zu demselben Zeitpunkt ging die Gedächtniskirche des hl. Alexius auch wieder in die Hand der Russischen Orthodoxen Kirche über, und die Schutzherrschaft über die Kirche übernahm.
Im Jahre 1963, d.h. zur 50-jahrfeier der Kirchengründung, wurde die Kirche mit von der Leipziger Stadtverwaltung zur Verfügung gestellten Mitteln aufs Neue renoviert. Die Vergoldung an Kuppel und Kirche wurde wiederhergestellt und eine Zentralheizung installiert.